I Trondheim ligger organisasjonens hovedkontor. Historisk sett var Trondheim midt mellom aktivitetsområdet og støttegruppene sør i landet.

Norges Samemisjon arrangerer her jevnlige møter og arbeider aktivt sammen med lokale samer for å spre informasjon om både samisk kultur og Samemisjonens arbeid i de berørte områdene.